Fort du succès du modèle T, le constructeur ne sut pas répondre aux aspirations des consommateurs alors que General Motors et Chrysler se battaient comme de beaux diables pour augmenter leur part de marché. L'innovation n'était plus l’apanage de Ford mais bel et bien du côté de ses concurrents. Ceux-ci proposaient en effet au public américain des automobiles modernes mais également la possibilité d'acheter leurs produits à crédit, ce que Ford refusa de faire pendant longtemps.
De plus, Ford était handicapée par une mauvaise gestion financière si bien qu'elle était au bord de la faillite au début de l'année 1921, ne pouvant rembourser ses échéances. Ses dirigeants refusèrent cependant les propositions de prêt des banques en échange du contrôle financier de la société. Pour se sortir de cette délicate situation, Henry Ford livra autant de voitures que possible à ses concessionnaires contre un paiement en espèce afin de dégager des liquidités. De même, il acheta une ligne de chemin de fer afin de contrôler au mieux les approvisionnements et ainsi réduire ses stocks. Les fonds récoltés furent même suffisants pour racheter la Lincoln Motor Company et ainsi être présent sur le marché des voitures de luxe.
Ford parvint tant bien que mal à maintenir son activité malgré les conséquences de la crise de 1929 notamment grâce au succès du nouveau modèle A lancé en 1927 en remplacement du modèle T et qui fut produit jusqu'en 1931. La société dut cependant licencier de nombreux ouvriers et réduire le salaire à 4$ afin de limiter ses pertes.
La mise en œuvre du New Deal du président Roosevelt facilita l'organisation des syndicats à laquelle Henry Ford était opposée. Une des décisions les plus marquantes pour tuer dans l’œuf toute velléité de revendication fut d'augmenter le salaire journalier à 6$. Ce ne fut pourtant pas la seule : l'entreprise s'associa à la pègre de Détroit afin de recruter des hommes de main chargés d’intimider les syndicalistes et de mener des actions punitives contre les ouvriers grévistes. Ford constituait alors selon l'expression du New York Times « la plus importante troupe militaire privée du monde », qualifiant son dirigeant de « fasciste de l'industrie » et de « Mussolini de Detroit ». Ce fut seulement en 1941 et après de nombreux affrontements qu'Henry Ford décida finalement de négocier avec les syndicats.
L'amélioration des conditions de travail accordée aux ouvriers suite à l'introduction du travail à la chaîne fit d'Henry Ford un véritable héros de l'Union Soviétique. Cette notoriété lui permit de nouer des relations privilégiées avec les responsables du régime. La société pu ainsi pénétrer ce marché à fort potentiel : l'URSS s'engageait à acheter des véhicules et pièces détachées tandis que Ford lui apportait l'assistance nécessaire à la construction d'une usine à Gorki. C'est ainsi qu'en 1933 fut achevée une chaîne de montage dédiée au modèle A, renommé GAZ-A et à un camion léger, le GAZ-AA, immédiatement utilisé à des fins militaires.
Henry Ford était d'autre part connu dès les années 20 pour son antisémitisme suite au rachat du journal The Dearborn Independant dont il changea la ligne éditoriale afin de pouvoir répandre ses opinions. Il compilera plus tard ses articles dans le livre Le Juif international qui inspira Adolf Hitler. Henry Ford est d'ailleurs le seul Américain cité dans Mein Kampf et avait, parait-il, sa photo dans le bureau du Führer. Ayant établi une étroite collaboration avec le régime nazi, Ford pu ainsi conserver une partie du contrôle sur ses usines allemandes contrairement à d'autres industriels étrangers et ce jusqu'à ce que les États-Unis entrent en guerre suite à l'attaque de Pearl Harbor. Il fut même prouvé que Ford exploitait des travailleurs forcés et prisonniers de guerre alors même que les usines allemandes dépendaient encore de Dearborn.
Hostile à la participation de son entreprise à l'effort de guerre allié, Henry Ford n'hésita pas à annuler des contrats passés entre son fils Edsel d'une part, l'US Air Force et la Royal Air Force d'autre part pour la construction de moteurs d'avion. Il changea cependant d'avis au même rythme que l'opinion publique américaine et mis ses moyens de production à disposition du gouvernement. La société entreprit notamment la construction d'une usine géante à Willow Run chargé de la production de bombardiers B-24 Liberator et de moteurs d'avion. Lorsque Ford céda l'usine au gouvernement en juin 1945, 8 600 bombardiers avaient été construits ainsi que 57 000 moteurs. D'autres usine furent mises à contribution afin de produire des Jeeps, des camions et des chars.
Alors que les usines Ford en URSS produisaient du matériel pour l'Armée Rouge, ses usines en France et en Allemagne en produisaient pour l'effort de guerre nazi. Ford et General Motors devinrent ainsi les principaux fournisseurs de la Wehrmacht en véhicules de transport de troupes et lui permirent d'accéder à des fournitures rares comme le caoutchouc. Cela n'empêcha cependant pas le gouvernement américain d'octroyer à ces sociétés des compensations en réparation des dégâts subis lors des bombardements à la fin de la guerre.
Edsel Ford mourut prématurément en mai 1943 et fut provisoirement remplacé par son père vieillissant. Devant les risques de voir l'entreprise s'effondrer, l'administration Roosevelt envisagea un temps de la nationaliser afin de ne pas mettre en péril sa production militaire. Devant l'insistance de l'ensemble de la famille Ford, Henry fut obligé de préparer l’aîné de ses petits-fils à lui succéder. C'est ainsi qu'en septembre 1945 le jeune Henry Ford II, tout juste âgé de 28 ans fut nommé président de la Ford Motor Company. Henry Ford mourut d'une hémorragie cérébrale en avril 1947 à l'âge de 83 ans.